El Conservatorio de Música de Puerto Rico es una corporación pública autónoma bajo la Ley Núm. 141 del 9 de agosto de 1995. La estructura de gobierno del Conservatorio está encabezada por una junta de directores que es responsable de considerar asuntos relacionados a la política pública institucional y que ejerce el deber de fiducia sobre los haberes institucionales, así como la supervisión del Rector.
El principal oficial ejecutivo de la institución es el Rector, sobre quien recae la responsabilidad primordial de velar por el cumplimiento de la visión, misión, valores, metas y objetivos institucionales, y administrar y supervisar todos los aspectos administrativos, fiscales y académicos de la institución. El Rector responde a la Junta de Directores y bajo su supervisión están los decanos y directores que administran las principales áreas académicas y administrativas institucionales.
La estructura administrativa institucional se organiza en los siguientes departamentos: Oficina de Rectoría, Decanato de Asuntos Académicos y Estudiantiles, Decanato de Administración y Finanzas, Oficina de Operaciones e Infraestructura, Oficina de Recursos Humanos, Oficina de Actividades Institucionales, Oficina de Desarrollo y Relaciones Públicas, Oficina de Investigación Institucional, Oficina de Exalumnos, Biblioteca y Centro de Recursos para el Aprendizaje, Oficina de Admisiones, Oficina de Registraduría, Oficina de Sistemas de Información y la Escuela Preparatoria.
El área académica está organizada en siete departamentos: Departamento de Canto, Departamento de Cuerdas, Departamento de Educación Musical y Estudios Generales, Departamento de Jazz y Música Caribeña, Departamento de Piano, Departamento de Teoría, Composición y Musicología, y Departamento de Vientos y Percusión.
El Senado Académico es el más alto cuerpo legislativo y de asesoramiento académico que recomienda y aprueba la orientación y dirección general de los programas académicos. Es función de ese cuerpo establecer y modificar la reglamentación académica, así como también definir y aprobar los requisitos de admisión y de graduación de los estudiantes.
Existen otros comités institucionales que participan en el gobierno académico de la institución. Estos son: Comité de Actividades, Comité de Admisiones, Comité de Avalúo y Planificación Estratégica, Comité de Becas y Progreso Académico, Comité de Biblioteca, Comité de Normas y Procedimientos, Comité de Personal y Comité de Tecnología.
El Consejo de Estudiantes es el foro que representa a los estudiantes ante la administración de la institución. Las funciones principales del consejo son: expresar la opinión de los estudiantes; promover las causas de los estudiantes, tanto académicas como sociales; facilitar el entendimiento, la comunicación y la cooperación entre los estudiantes, la facultad y la administración y trabajar en el desarrollo de propuestas para mejorar el bienestar de los estudiantes del Conservatorio de Música de Puerto Rico.
La administración del Conservatorio propicia la participación de los estudiantes en los siguientes comités institucionales: Senado Académico, Subcomité de Currículo, Avalúo y Planificación Estratégica, y Biblioteca.