La institución se creó en virtud de la Ley Núm. 35 del 12 de junio de 1959 bajo el liderazgo artístico y musical del ilustre chelista español don Pablo Casals, quien sirvió de agente catalizador para que personalidades y agencias del gobierno se dieran a la tarea de crear un conservatorio en la isla. Entre las figuras del gobierno que acuñaron la idea y encaminaron el proceso se destacan don Ernesto Ramos Antonini, Presidente de la Cámara de Representantes de la Legislatura de Puerto Rico en aquel entonces, y quien fue el principal gestor y creador del proyecto de ley que dio origen a la institución. Inicialmente su propósito sería capacitar músicos de primer orden para nutrir la Orquesta Sinfónica de Puerto Rico, el Festival Casals y formar los compositores, intérpretes y maestros necesarios para apoyar la vida musical del país.
El Conservatorio provee a la comunidad puertorriqueña, en especial a la juventud, todas las oportunidades necesarias para educar y perfeccionar sus destrezas musicales. La oferta académica estimula la formación integral de los estudiantes y promueve el máximo desarrollo de sus capacidades artísticas, intelectuales y humanísticas. La institución promueve la excelencia, actualidad y relevancia de su oferta a académica para mantener ofrecimientos de calidad que atiendan las necesidades educativas del mercado musical laboral. Además de sus programas universitarios, el Conservatorio ofrece estudios al nivel formativo preuniversitario para niños, jóvenes y adultos de la comunidad en general a través de su Escuela Preparatoria.
Puerto Rico goza hoy día de un Conservatorio, dinámico y sólido; una de las instituciones musicales en el ámbito universitario de mayor relevancia en el Caribe y en Latinoamérica.